بخش تحقیقات کنترل بیولوژیک یکی از بخش‌های ستادی مؤسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور است که در سال 1363 با هدف ساماندهی تحقیقات کنترل بیولوژیک و استفاده از این روش در مدیریت انبوهی آفات و بیماری‌های گیاهی تأسیس شد.

در حال حاضر 13 نفر عضو هیات علمی، 7 نفر کارشناس، 3 نفر تکنسین و 4 نفر همکار خدمات در بخش مشغول به کار هستند. بخش تحقیقات کنترل بیولوژیک همسو با برنامه های ملی در زمینه سلامت و امنیت غذایی، تولید محصولات کشاورزی بدون باقیمانده سم، حفظ تنوع زیستی و محیط زیست، سلامت انسان و دام و لحاظ تعادل عوامل زنده زیست بوم‏های کشاورزی، اهداف ذیل را دنبال می‌کند:

1. دست یابی به دانش تولید انبوه و رهاسازی عوامل زنده و ویروس ها برای کنترل آفات، بیماریهای گیاهی و علف‌های هرز در زیست بوم ‏های کشاورزی و منابع طبیعی

2. اخذ روش های حفظ و حمایت از دشمنان طبیعی برای حفظ تنوع زیستی و مدیریت پایدار کشاورزی

3. دست یابی به دانش فرمولاسیون‏ آفت کش های میکروبی

4. توسعه روش‏های کنترل بیولوژیک بر اساس پیش آگاهی و در قالب برنامه IPM در زیست بوم ‏های مختلف کشاورزی و منابع طبیعی

5. شناسایی و معرفی میکروارگانیسم‏های اپی‏فیت و اندوفیت گیاهان زراعی و باغی برای توسعه کنترل بیولوژیک بیماری‏های گیاهی

6. مطالعه مقاومت القایی گیاهان بر اساس میکروارگانیسم‏ های هم‏زیست

7. مطالعه عوامل زنده در پالایش آلودگی خاک و آب

8. جمع آوری و نگهداری منابع ژنتیکی عوامل کنترل بیولوژیک آفات، بیماری‌های گیاهی و علف‌های هرز محصولات کشاورزی و عرصه‌های طبیعی

9. کنترل بیولوژیک کلاسیک و نئوکلاسیک برای کنترل آفات کشاورزی و منابع طبیعی

10. ارتباط و همکاری با سازمان‌ها و مؤسسات پژوهشی ملی و بین المللی در زمینه اجرای پروژه‌های مشترک کنترل بیولوژیک آفات کشاورزی و منابع طبیعی در قالب قراردادهای رسمی

•  حفاظت از زنبور Telenomus busseolae (Platytelenomus hylas) پارازیتوئید تخم ساقه‏ خوار نیشکر در خوزستان (Sesamia nonagrioides)، با دستور توقف کلیه برنامه‏ های شیمیایی علیه این آفت که منجر به استقرار پارازیتوئید و حذف سمپاشی ها و کاهش مصرف حشره‌کش‌های شیمیایی در کشت و صنعت‏های استان خوزستان شد (1359- 1352).
•  توسعه کنترل بیولوژیک  (تریکوگراما و براکوان) در شمال کشور به نحوی که در سطح 150 هزار هکتای از اراضی شالیزاری کشور اقدام به رها سازی زنبور تریکوگراما جهت کنترل ساقه خوار برنج شده است. به همین دلیل میزان مصرف حشره کش ها در شالیزارها از 16 هزار تن در دهه های گذشته به حدود 4 هزار تن در حال حاضر کاهش یافته است (1390-1362).
•  بومی‏‏ سازی شیوه تولید انبوه شب پره آرد (اِفِستیا) و زنبور Bracon hebetor برای کنترل بال‏پولکداران خسارتزا شامل: کرم غوزه پنبه، ساقه‌خوار اروپایی ذرت، غلاف‌خوار سویا و میوه‌خوار گوجه‌فرنگی (1380-1366)..
•  تصویب طرح ملی کاهش مصرف سموم (طرح توسعه کاربرد فرآوردهای بیولوژیک و بهینه ‏سازی مصرف کود و سم در کشاورزی) در سال 1374، هدایت و اجرای پروژه ‏های آن که منجر به جهت ‏گیری کاربردی ‏تر برنامه ‏های بخش شد. نتایج بارز اولیه آن کاهش مصرف سم به ‏ویژه در مزارع برنج استان‏های شمالی کشور بود (1381-1374).
•  بومی ‏‏سازی شیوه تولید انبوه بالتوری سبز (Chrysoperla carnea) برای کنترل پسیل پسته، شته و سایر آفات مکنده (1388-1369).
•  جداسازی و نگهداری سویه‌های بومی Bacillus thuringiensis از کل خاک‌های زراعی ایران (140 سویه) و غربال آنها برای انتخاب بهترین سویه در کنترل آفات کشاورزی و منابع طبیعی.
•  دستیابی به دانش فنی تولید و بازیافت از فرمانتور به روش میکرو‌فیلتراسیون و فرمولاسیون (پودر وتابل، میکروکپسول و امولسیون غلیظ) آفت‌کش‌های میکروبی بر پایه باکتری Bacillus thuringiensis (1393-1382).
•  تهیه و تنظیم و ارائه پروتکل کنترل کیفی آفت‌کش‌های میکروبی به سازمان حفظ نباتات در سال 1389 و اجرای آن در سطح ملی که سبب رشد فزاینده کاربرد آفت‌کش‌های میکروبی در کشور و سامان دهی بخش خصوصی مرتبط شد.
•  دستیابی به دانش فنی تولید و فرمولاسیون آفت‌کش‌های میکروبی بر پایه قارچ آنتاگونیست spp.  Trichoderma(1395-1389).
•  بومی‌سازی دانش فنی تولید قارچ بیمارگر bassiana  Beauveria(1398-1389).
•  ارزیابی عوامل وارداتی کنترل بیولوژیک آفات و بیماری‏های محصولات گلخانه‌ای و ارائه راهکار مدیریت تلفیقی مبتنی بر روش کنترل بیولوژیک و سایر راهکارهای غیرشیمیایی، که این موضوع منجر به معرفی، بومی‏سازی و دستیابی به دانش فنی تولید برخی از عوامل کنترل بیولوژیک گلخانه شد (1392-1388).
•  بومی‌سازی و دستیابی به دانش فنی تکثیر زنبور Encarsia formosa پارازیتوئید سفیدبالک گلخانه (1395-1393).
•  بومی‌سازی و دستیابی به دانش فنی تکثیر سن های شکارگر  Nesidiocoris tenuis(1397-1394).
•  مدیریت سفیدبالک توت (آفت نوظهور فضای سبز شهر تهران) با استفاده از روش‏های غیرشیمیایی و حمایت از دشمنان طبیعی آن که پس از پنج سال به ایجاد تعادل طبیعی بین زنبورهای پارازیتوئید و سفیدبالک منجر شد. این دستاورد در قالب تفاهم‏نامه با سازمان بوستان‏ها و فضای سبز شهر تهران حاصل شد (1397-1395).
•  تحقیق و توسعه کنترل بیولوژیک آفات ذرت در شرکت کشت و صنعت و دامپروری مغان:  با اجرای این پروژه و ارائه نتایج مثبت آن به وزارتخانه، سطح کنترل بیولوژیک ساقه خوارهای ذرت در سال‌های 1387- 1386 در کشور دو برابر شده و هم اکنون بیش از 30 هزار هکتار است.
•  تهیه سوش مادری زنبور تریکوگراما در 22 استان کشور در سه سال متوالی: علاوه بر جمع‌آوری، غربالگری و انجام آزمایش‌های کنترل کیفی و زیستی، تکثیر اولیه برای تحویل به استان‌ها صورت گرفت. با توجه به حضور در استان‌ها آموزش‌های لازم به واحدهای تولید کننده ارائه شد (1397-1394). بنا بر اظهار سازمان حفظ نباتات، این امر سبب ارتقاء 30 درصدی در بهره‌وری کنترل بیولوژیک شده است.
•  تحقیق و ترویج کابرد کفشدوزک کریپتولموس علیه شپشک آرد آلوی چای و مرکبات در استان‌های گیلان و مازنداران (1389-1386): از ثمرات این پروژه توانمندسازی بخش خصوصی در تکثیر  تولید کفشدوزک کریپتولموس در سطح بیش از 35 هزار هکتار از باغات چای و مرکبات بوده است. با توجه به اینکه تنها روش موثر کنترل شپشک آرد آلوی چای، روش کنترل بیولوژیک می‌باشد، کنترل آفت مذکور با استقبال باغداران مواجه شد.

1.  پیشنهاد، طراحی و اجرای طرح‏ها و پروژه‏های کنترل بیولوژیک در سطوح ملی، منطقه‏ای و بین المللی
2. جمع‏ آوری و نگهداری منابع ژنتیکی پارازیتوئیدها، شکارگرها و عوامل میکروبی مفید
3.  ارائه دانش فنی تولید انبوه دشمنان طبیعی در مقیاس وسیع با دیدگاه کاربردی
4.  تدوین و اجرای پروتکل‌های کنترل کیفی آفت‌کش‌های میکروبی با تکیه بر دانش بومی
5.  تدوین و اجرای پروتکل های کنترل کیفی پارازیتوییدها و شکاگرهای آفات کشاورزی
6.  تأمین نیازهای تحقیقاتی موسسات و مراکز علمی، دانشگاه‏ها و دستگاه‏های اجرایی در زمینه‏ کنترل بیولوژیک آفات، بیماریهای گیاهی و علفهای هرز
7.  ارتباط و همکاری با سازمان‏های ملی و بین المللی برای اجرای پروژه ‏های مشترک مصوب به صورت قرارداد یا تفاهم نامه
8.   راهنمایی و مشاورت دانشجویان مقاطع کارشناسی‏ارشد و دکتری برگزاری دوره‏ ها و کارگاه ‏های آموزشی برای دانشجویان و کارشناسان
9.  توانمندسازی کشاورزان، مروجین، مدیران مزرعه، کارشناسان کنترل آفات و کلینیک‏های گیاه‏پزشکی و محققین جوان در مطالعات آزمایشگاهی، گلخانه‏ و مزرعه‏ کنترل بیولوژیک آفات کشاورزی و منابع طبیعی مشاوره و ارائه اطلاعات لازم برای ثبت آفت‌کش‌های بیولوژیک به بخش خصوصی برای سرمایه‌گذاری روی عوامل و فراورده‏ های بیولوژیک جدید
10.  انتشار نشریه علمی مهار زیستی در گیاه‌پزشکی
11.  تأسیس انجمن علمی کنترل بیولوژیک ایران
12. تأسیس قطب علمی ارگانیک