استان گیلان تا قبل از سال 1373 دارای مرکز تحقیقات کشاورزی و بخش‌های مربوطه از جمله بخش گیاه‌پزشکی بوده که ایستگاه تخصصی گیاه‌پزشکی بندرانزلی آن در سطح کشور کاملاً شناخته شده بود. از سال 1336  که موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی با نام اداره کل بررسی آفات و قرنطینه نامیده شد، علاوه بر انجام امور پژوهشی فعالیت­های مربوط به قرنطینه محصولات گیاهی نیز جزو مسئولیت­های این موسسه قرار گرفت. بر این اساس  و در آن برهه ایستگاه­ای در بندر انزلی تأسیس شد  که یکی از وظائف آن امور قرنطینه بود. در واقع ایستگاه تحقیقات بررسی آفات و بیماری‌های بندرانزلی به عنوان یک ایستگاه قرنطینه شروع به کار نمود. از مسئولان پیشین بخش اطلاعی در دست نیست، ولی اولین رییس بخش از زمان استقلال موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، مهندس هوشنگ برومند بود که  از سال 1338 عهده­دار مسئولیت این بخش شد. زمینه تحقیقاتی ایشان آفات برنج و بخصوص کرم برگخوار سبز برنج بود. پس از ایشان دکتر فیروز ابراهیم نسبت مسئولیت ایستگاه را بر عهده داشته که بیشتر روی بیماری­های توتون تحقیق می­نمود. پس از ایشان مهندس حسین میرکمالی که زمینه تخصصی تحقیقاتی ایشان علف‌های‌هرز بود مسئولیت، بخش را بر عهده داشت.  علاوه بر آنان مهندس جعفر اخوی‌زادگان و مهندس  منوچهر ایزدیار هر کدام برای سال‌هایی عهد‌دار ریاست بخش بوده‌اند. با راه اندازی موسسه تحقیقات برنج، مرکز تحقیقات استان منحل و کلیه امکانات به موسسه تحقیقات برنج منتقل شد. ایستگاه یاد شده در سال 1385 به سازمان بنادر و کشتیرانی واگذار و فروخته شد.

در سال 1383 بخش گیاه‌پزشکی که زیر نظر سازمان جهاد کشاورزی گیلان فعالیت می­نمود با تأسیس مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی گیلان به ساختمان قدیمی این مرکز منتقل شده و فعالیت‌های پژوهشی مرتبط با آفات و بیماری­های گیاهی توسط همکاران این بخش مهندس قنادآموز و مهندس میرحسینی مقدم انجام گرفت.

در سال 1388 و پس از افتتاح ساختمان جدید مرکز تحقیقات گیلان بخش گیاه‌پزشکی و آزمایشگاه­های مربوطه به ساختمان جدید منتقل شدند.