تا سال 1345 در ساختار مؤسسه تحقیقات آفات و بیماری‌های گیاهی (مؤسسه تحقیقات گياه‌پزشكي كشور فعلی) بخش مستقلی که وظايف تحقیق در زمینه رستنی‌های ایران را عهده‌دار باشد، وجود نداشت. در این سال در تشکیلات جدید مؤسسه بخشی تحت عنوان "بخش طبقه‌بندی گیاهان" با سه آزمایشگاه (1) طبقه‌بندی گیاهان عالی، (2) طبقه‌بندی گیاهان پست و (3) طبقه‌بندی قارچها و باکتری‌ها تصویب و ابلاغ شد. با تصویب تشکیلات جدید مؤسسه تحقیقات آفات و بیماری‌های گیاهی (در قالب سازمان تحقیقات کشاورزی) در سال 1357، بخش طبقه‌بندی گیاهان به "بخش تحقیقات گیاه‌شناسی" تغییر نام داد. در ضمن وظایف تحقیقات باکتری‌شناسی نیز از این بخش منفک و به بخش تحقیقات بیماری‌های گیاهان مؤسسه محول گردید. در سال 1376 نام اين بخش به دليل ماهيت فعاليت‌هاي خود به "بخش تحقيقات رستنيها" مجددا تغيير يافت. بخش تحقيقات رستنيها به عنوان بنيان‌گذار تحقيقات رده‌بندي قارچها و گياهان در وزارت جهاد كشاورزي و همچنين با دارا بودن مجموعه‌هاي غني نگهداري قارچها، گياهان و علف‌هاي هرز در وزارت مذكور از جايگاه ويژه‌اي در تحقيقات كشاورزي، خاصه تحقيقات گياه‌پزشكي، در كشور برخوردار است.
مجموعه مرجع قارچها
اين قسمت كه قديمي‌ترين مجموعه هرباريوم "ايران" مي‌باشد، فعاليت خود را از سال 1324 شروع كرده و در سالني به نام دكتر قوام‌‌الدين شريف جاي دارد. هم اکنون در اين مجموعه، 18120 نمونه از قارچها، شبه قارچها و گلسنگ‌ها نگهداري مي‌شود كه اين نمونه‌ها به 97 راسته، 1030 جنس و 4589 گونه (شامل 3015 گونه از ايران) تعلق دارند. مجموعه فوق علاوه بر نمونه‌هاي ايراني (14550 نمونه)، حاوي تعداد زيادي نمونه خارجي (3570 نمونه) نيز می‌باشد كه در پي مبادله نمونه با هرباريوم‌هاي مشابه خارجي به دست آمده است. نمونه‌هاي اين قسمت براساس حروف الفباي جنس قارچها تنظيم شده و اكثر آن‌ها مربوط به بعد از سال 1324 مي‌باشند، اگر چه نمونه‌هايي هم مربوط به قبل از اين سال در آن جاي دارند. قديمي‌ترين نمونه ايراني موجود در اين مجموعه (IRAN 8023 F) Puccinia hordei G.H. Otth روي گياه Bromus madritensis L. مي‌باشد كه از كازرون (گردنه پيرزن) در سال 1936 ميلادي (1315 شمسي) توسط اروين گائوبا (Erwin Gauba)، گياه‌شناس اتريشي، جمع‌آوري شده است. قديمي‌ترين نمونه خارجي (IRAN 4907 F) هم نمونه‌اي از قارچ Selenophoma straussiana (Sacc.) Luc روي گياه Dianthus orientalis Adams است كه از آسياي صغير در جولاي سال 1853 ميلادي (1232 شمسي) توسط تئودور كوچي (Theodor Kotschy) جمع‌آوري شده است. نمونه‌هاي اين مجموعه، قارچ‌هاي بيمارگر گياهان، قارچ‌هاي چوبزي و كلاهك‌دار شامل قارچ های سمی، دارویی، خوراکی، میکوریز و گلسنگ‌ها را شامل مي‌شوند. با در نظر گرفتن تعداد گونه‌هاي قارچي گزارش شده از ايران تا به امروز، مجموعه قارچ‌هاي وزارت جهاد كشاورزي، بيش از 75 درصد قارچ‌هاي گزارش شده از كشور را در خود جاي داده است. از ديگر ويژگي‌هاي منحصر به فرد اين مجموعه وجود 550 نمونه تيپ يا پايه (type collection) شامل 357 نمونه از ايران و 193 نمونه از ساير كشور‌هاي جهان مي‌باشد.
هرباریوم علف های هرز
اين مجموعه در سالني به نام مهندس عين‌اله شاهسون بهبودي، بنيان‌گذار تحقيقات علف‌هاي هرز در ايران، جاي دارد. هدف از ايجاد اين قسمت از هرباريوم تهيه مجموعه‌اي است كه اغلب به متخصصان علوم علف‌هاي هرز در شناسايي علف‌هاي هرز محصولات مختلف كمك نمايد. بدين جهت اساس ترتيب و تنظيم نمونه‌هاي اين مجموعه بر حسب نوع محصولات زراعي و باغي استوار است. اين قسمت در سال 1348 بنيان‌گذاري شده و مستمرا بر غناي آن افزوده شده است. اطلاعات ذيقيمتي در مورد فلور علف‌هاي هرز كشور و پراكنش آن‌ها در اين مجموعه نگهداري مي‌شود. آگاهي از پراكنش علف‌هاي هرز در كشور و تركيب يا فلور علف‌هاي هرز هر محصول در هر منطقه به مديريت صحيح آن‌ها منجر خواهد شد. در حال حاضر، مجموعه علف‌هاي هرز در بر دارنده 6752 نمونه علف هرز متعلق به 82 تيره، 472 جنس و 1079 گونه از سراسر كشور مي‌باشد.
كلكسيون بذور علف‌هاي هرز
كلكسيون بذور علف‌هاي هرز از سال 1348 و در داخل هرباريوم علف‌هاي هرز پايه‌گذاري شد. در این کلکسیون بذور رسیده و خشک شده علف‌های هرز در ظروف شیشه‌ای و پلاستیکی دربسته و روی اسلایدهای میکروسکوپی نگهداری می‌شوند. اين مجموعه با دارا بودن تعداد 634 نمونه بذر علف هرز متعلق به 296 جنس و 540 گونه، نقش به سزايي در شناسايي بذور علف‌هاي هرز به ويژه گونه‌هاي مهاجم، قرنطينه و سمي در محصولات كشاورزي خاصه بذور وارداتي ايفا مي‌كند.
هرباریوم گیاهان آوندی
اين قسمت كه در سالني به نام دكتر اسفنديار اسفندياري جاي دارد، بيشترين حجم هرباريوم را به خود اختصاص داده است. در اين قسمت گياهان (شامل نهانزادان آوندي، بازدانگان و نهاندانگان) يك تيره در كنار هم و براساس حروف الفبا تنظيم و مستقر شده‌اند. اگر چه فعاليت هرباريوم گياهان با شروع جمع‌آوري اين نوع رستنيها در سال 1327 توسط دكتر اسفنديار اسفندياري به همراه پروفسور كارل هاينز رشينگر (گياه‌شناس مشهور اتريشي) و پاول آلن (گياه‌شناس سوييسي) آغاز شد (Esfandiari 1967)، ولي در اين قسمت نمونه‌هاي معدود ديگري مربوط به قبل از 1327 هم وجود دارد. قديمي‌ترين نمونه ايراني اين مجموعه (IRAN 26255) گياه Zataria multiflora Boiss. مي‌باشد كه از كوه طاق علي واقع در كرمان در سال 1892 ميلادي (1271) توسط جوزف بورنمولر (Joseph Bornmüller)، گياه‌شناس مشهور آلماني، جمع‌آوري شده است. قديمي‌ترين نمونه خارجي موجود در اين مجموعه (IRAN 49988) هم نمونه‌اي از گياه Hieracium reticulatum Lindeb. مي‌باشد كه از روسيه در سال 1916 ميلادي ( 1295 شمسي) توسط گونار ماركلوند (Gunnar Marklund)، گياه‌شناس فنلاندي، جمع‌آوري شده است. مجموعه گياهان آوندي هرباريوم "ايران" در حال حاضر، تعداد 77900 نمونه از گياهان را در خود جاي داده است. اين نمونه‌ها به 185 تيره، 1390 جنس و 6752 گونه (شامل 6590 گونه از ايران) تعلق دارند. با در نظر گرفتن تعداد گونه‌هاي گياهي گزارش شده از ايران (حدود 8000)، اين مجموعه بيش از 80 درصد گياهان گزارش شده از كشور را در خود جاي داده است. از ديگر مجموعه‌هاي ذيقيمت در اين هرباريوم، مجموعه نمونه‌هاي تيپ از گياهان ايران است. در حال حاضر تعداد 396 نمونه تيپ از گياهان آوندي ايران در اين مجموعه نگهداري مي‌شود.
هرباریوم گیاهان دارویی وآفتکش
اين مجموعه خود از دو زيرواحد تشكيل شده است. فعاليت زيرواحد گياهان دارويي اين مجموعه از سال 1350 و گياهان آفت‌كش آن از سال 1378 آغاز شده است. هدف از ايجاد اين هرباريوم تخصصي ارايه اطلاعات به ساير بخش‌هاي تحقيقاتي در زمينه كاربرد گياهان به ويژه عصاره و تركيبات فعال آن‌ها عليه آفات، كنه‌ها و عوامل بيماري‌زاي گياهان بوده است. در سال‌هاي اخير، فعاليت قابل توجهي در زمينه شناسايي برخي گياهان دارويي و آفت‌كش در اين هرباريوم صورت پذيرفته است. در حال حاضر، در اين مجموعه تعداد 514 نمونه گياه دارويي و آفت‌كش متعلق به 101 تيره، 372 جنس و 514 گونه نگهداري مي‌شود. اين مجموعه همچنين در بردارنده تعداد 234 نمونه بذر و ساير اندام‌هاي گياهي (گل، برگ، ساقه، ريزوم و يا ريشه) متعلق به گياهان داراي خواص دارويي و آفت‌كشي از 90 تيره گياهي مختلف (مشتمل بر 200 جنس و 234 گونه) مي‌باشد. نمونه‌هاي موجود در اين مجموعه براساس حروف الفباي جنس و گونه مرتب شده‌اند.
كلكسيون ملي قارچ‌هاي زنده "ايران"
فعاليت كلكسيون ملي قارچ‌هاي زنده "ايران" از اواخر سال 1347 و با انتقال تعداد زيادي جدايه قارچي مختلف از مؤسسه BBA آلمان (Biologische Bundesanstalt für Land-und Forstwirtschaft) توسط دكتر جعفر ارشاد شروع شد. طي سال‌هاي 85-1379 تعداد قابل توجهي جدايه قارچي توسط دكتر رسول زارع از مؤسسههاي IMI انگلستان (International Mycological Institute) و CBS هلند (Westerdijk Institute) به اين مجموعه اضافه شد. از سال 1385 به بعد نيز تعداد قابل ملاحظه‌اي از جدايه‌هاي قارچي به دست آمده از بسترهاي رشدي مختلف در ايران به مجموعه فوق اضافه گرديد. قديمي‌ترين نمونه ايراني اين مجموعه (IRAN 1897 C) قارچ Peniophora pseudonuda Hallenb. جدا شده از چوب در حال پوسيدگي مي‌باشد كه از گرگان در سال 1978 ميلادي (1357) توسط نيلز هالنبرگ (Nils Hallenberg)، قارچ‌شناس سوئدي، جداسازي شده است. قديمي‌ترين نمونه خارجي (IRAN 1359 C; CBS 409.67) اين مجموعه نيز Verticillium subfasciculatum (Petch) Samson & W. Gams جدا شده از يك حشره متعلق به تيره Heleomyzidae مي‌باشد كه از هلند در سال 1905 ميلادي (1284) توسط تيرنسترا-اكن (M.H. Teernstra-Ecken) جداسازي گرديده است. اين مجموعه با دارا بودن تعداد 3978 كشت زنده قارچ كه 3356 كشت آن از ايران جمع‌آوري شده است، يك گنجينه منحصر به فرد ملي و منطقه‌اي بوده و با هدف نگهداري استاندارد قارچ‌هاي مهم از نظر كشاورزي در حال فعاليت مي‌باشد. در حال حاضر در اين مجموعه، نمونه‌هاي متعلق به 537 جنس، 2041 گونه و تعداد 154 نمونه تيپ زنده (ex-type) نگهداري مي‌شود. قارچ‌هاي اين مجموعه بر حسب نوع قارچ و نيازمندي آن به صورت انجماد خشك، درون خاك و آب و همچنين روي محيط‌هاي كشت متنوع حاوي آگار نگهداري مي‌شوند. اين كشت‌ها تحت شرايط كنترل شده و در اتاقي با دماي 10-7 درجه سلسيوس (cold room) نگهداري شده و كشت‌هاي روي محيط‌هاي آگاردار هر 2-1 سال تجديد كشت مي‌شوند. اين کلکسيون طي تير ماه سال 1395 به پايگاه جهانيGlobal Catalogue of Microorganisms (GCM) پيوست. در حال حاضر اطلاعات جدايه‌هاي قارچي موجود در اين مجموعه ارزشمند از طريق اين پايگاه به آدرس زیر http://gcm.wdcm.org قابل دسترس مي‌باشد.
هرباريوم گياهان غير آوندي و جلبك‌ها
اين قسمت در سال 1370 و همزمان با شروع تحقيقات جلبك‌شناسي و متعاقب آن تحقيقات خزه‌شناسي در بخش تحقيقات رستنيها فعال گرديد و تاكنون پيشرفت‌هاي قابل ملاحظه‌اي داشته است. در سال‌هاي گذشته و بر پايه اطلاعات موجود در اين مجموعه تلاش شده است تا با اجراي طرح‌ها و پروژه‌هاي تحقيقاتي در زمينه شناسايي گياهان غيرآوندي (خزه‌ها) و جلبك‌ها، بررسي اين دسته از گياهان به عنوان پناهگاه آفات و عوامل بيماري‌زاي گياهي، منابع ژنتيكي و عوامل كنترل بيولوژيك بيمارگر گياهان انجام شود. در حال حاضر، تعداد 1700 نمونه خزه (در حدود 1600 نمونه ايراني) متعلق به 80 جنس و حدود 600 گونه شناسايي شده در اين مجموعه نگهداري مي‌شود. در خصوص جلبك‌ها نيز تا كنون تعداد 430 نمونه فيكس شده و تعداد 300 نمونه در داخل بطري‌هاي شيشه‌اي (همگي جمع‌آوري شده از ايران) متعلق به 35 تيره، 75 جنس و 180 گونه تهيه شده است. اين نمونه‌ها در شرايط دمايي 5 تا 10 درجه سلسیوس و در داخل محلول‌هاي تثبيت كننده نگهداري مي‌شوند.