بخش تحقیقات گیاه‌پزشکی فعلی  با نام " بخش تحقیقات آفات و بیماری‌های گیاهی " در سال 1363 در محل مرکز تحقیقات کشاورزی در خیابان استانداری یزد با یک تکنیسین تأسیس شده است در بدو تأسیس کلیه امکانات بخش در یک آزمایشگاه مستقر بوده است. در سال 1365 مرکز تحقیقات کشاورزی و بدنبال آن بخش تحقیقات آفات و بیماری‌های گیاهی از خیابان استانداری به خیابان شهید بهشتی یزد منتقل، که در محل جدید نیز تمام امکانات بخش در یک آزمایشگاه استقرار داشت. با توجه به کمبود نیروی کارشناسی و فنی در سال‌های ابتدای تاسیس بخش طرح‌های گیاه‌پزشکی مربوط به آفات و بیماری‌ها توسط یک کارشناس انجام شده است.

 سال 1370 مرکز تحقیقات کشاورزی از خیابان شهید بهشتی به جاده فرودگاه منتقل شده است که بخش نیز بدنبال آن به محل جدید منتقل شد لازم بذکر است قبل از انتقال رسمی مرکز، انسکتاریوم در محل جاده فرودگاه احداث شده بود. در محل جدید آزمایشگاه‌های حشره‌شناسی، بیماری‌شناسی‌گیاهی، نماتودشناسی به طور مجزا با امکانات بیشتری شروع بکار نمود. در همین زمان چهار باب اتاق حرارت با رطوبت و نور قابل تنظیم و وسعت حدود 50 متر مربع راه اندازی شد. اولین انسکتاریوم تولید و پرورش حشرات مفید در مرکز کشور در استان یزد و در محل بخش تحقیقات آفات و بیماری های گیاهی احداث، و اقدام به تولید زنبور تریکوگراما نمود و جز اولین بخش‌های اجرا کننده مبارزه بیولوژیک با کرم گلوگاه انار با استفاده از زنبور تریکوگراما بود.

اولین گلخانه با اسکلت فلزی در استان یزد در سال 1374 با تلاش کارشناسان بخش در محل مرکز با وسعت 400 متر مربع احداث شده است.

در سال 1385بخش به تبع تغییر نام موسسه تحقیقات آفات و بیماری‌های‌گیاهی به موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی به بخش تحقیقات گیاه‌پزشکی تغییر نام داد.

- معرفی سایر میزبان‌های کرم‌گلوگاه‌انار از جمله انجیر و پسته

- معرفی و تعیین بیولوژی سوسک چوبخوار انار Chrysobotris parvipunctata

- بررسی کارآیی زنبور تریکوگراما روی کرم گلوگاه انار و ارایه دستورالعمل اجرایی آن در باغات انار

- ارایه رقم متحمل به کرم‌گلوگاه‌انار و سایر عوامل خسارت‌زا معرفی عوامل بیماریزا و تهدید کننده انار در انبار

- شرکت در جلسات و کمیته های فنی و اجرایی مرتبط با وظیفه بخش در حفظ نباتات، ترویج، معاونت باغبانی، محیط زیست، استاندارد، برنامه و بودجه

- تدریس در دوره های آموزشی مربوط به انار، پسته و گلخانه در سایر استان های کشور

- مشاوره و راهنمایی در راه اندازی و احداث انسکتاریوم خصوصی و دولتی در استان و سایر استان ها