آغاز فعالیت تحقیقاتی ایستگاه تحقیقات کشاورزی بیرجند، واقع در بیست کیلومتری جنوب غربی شهرستان بیرجند، سال 1363 می باشد. در سال 1382 با شکل گیری وزارت جهاد کشاورزی، ایستگاه های تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی ادغام و مجموعه ایستگاه تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی شکل گرفت.

در سال 1384 به دنبال شکل‌گیری استان خراسان جنوبی، ایستگاه تحقیقات به نام مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی خراسان جنوبی شروع به فعالیت نمود.

از ابتدای سال 1385، فعالیت های مرتبط با تحقیقات گیاه‌پزشکی با یک نفر نیروی عضو هیأت علمی آغاز شد. عملیات آزمایشگاهی مربوطه در ایستگاه تحقیقات کشاورزی بیرجند (واقع در محمدیه) با امکانات عمومی مرکز انجام می‌گرفت.

     اولین ساختمان آزمایشگاه تحقیقات آفات و بیماری های گیاهی مرکز (فعالیت از 1377 تا 1389)

 در سال 1390، با تکمیل ساختمان جدید مرکز واقع در ایستگاه تحقیقات کشاورزی بیرجند (بیست کیلومتری جنوب غربی شهرستان بیرجند)، به تدریج آزمایشگاه تحقیقات گیاه‌پزشکی مرکز و آزمایشگاه مولکولی در این ساختمان به بهره برداری رسید.

آزمایشگاه تحقیقات گیاه‌پزشکی (از سال 1390 تاکنون)

آزمایشگاه تحقیقات گیاه‌پزشکی، نمای داخلی، (فعالیت از سال 1390 تاکنون)

آزمایشگاه مولکولی بخش تحقیقات گیاه‌پزشکی، نمای داخلی، (فعالیت از سال 1393 تاکنون)

با ادغام دو مجموعه مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی و مرکز آموزش جهاد کشاورزی خراسان جنوبی در بهمن ماه سال 1393 و متعاقباً تصویب بخش تحقیقات گیاه‌پزشکی مرکز در ادامه اعلام تشکیلات بعد از ادغام در بهمن ماه سال 1395، ستاد مرکز به ساختمان مرکز آموزش واقع در کیلومتر 18 جاده بیرجند-کرمان انتقال یافت و محل کار همکاران بخش به ساختمان معاونت پژوهشی منتقل شد در حالی که آزمایشگاه گیاه‌پزشکی و آزمایشگاه مولکولی در ساختمان سابق ستاد مرکز واقع در ایستگاه تحقیقات کشاورزی بیرجند باقی ماند. در حالی که بخشی از فعالیت محققین بخش در آزمایشگاه تحقیقات گیاه‌پزشکی متعلق به مرکز آموزش جهاد کشاورزی انجام می شود.

آزمایشگاه تحقیقات گیاه‌پزشکی شماره 2

- شناسائی آفات گل آذین سورگوم در خراسان جنوبی. 1387

- مطالعه  اکولوژی شیمیائی مگس میوه عناب در خراسان جنوبی. 1394

- مطالعه امکان پیش آگاهی پروانه کرم خراط با استفاده از مدل روز-درجه در خراسان جنوبی. 1392

- شناسائی عوامل بیماری پوسیدگی قوزه پنبه و تعیین پراکنش آنها در خراسان جنوبی. 1391

- مقایسه روش های مختلف کنترل کرم خراط. 1393

- مطالعه کارائی حشره کش پالیزین جهت کنترل پسیل پسته . 1392

- مطالعه تاثیر کائولین فرآوری شده روی کاهش خسارت کرم گلوگاه و آفتاب سوختگی میوه های انار. 1392

- تعیین کارائی پودر کائولین فرآوری شده در کاهش جمعیت مگس میوه عناب در خراسان جنوبی. 1394

- تعیین تراکم مناسب تعداد تله فرمونی جهت شکار انبوه کرم خراط. 1392

- شناسائی آنتاگونیست های قارچی از سوسک شاخک بلند رزاسه و کرم خراط در استان خراسان جنوبی. 1394

- سبب شناسي سرخشکيدگي درختان پسته در استان خراسان جنوبي. 1394

- شناسایی، پراکنش و میزان کارایی زنبورهای پارازیتوئید تخم آفت سوسک سرشاخه­خوار رزاسه در باغ­های بادام آلوده استان خراسان جنوبی. 1397

- چرخه زندگي عامل زنگ جاروئی درختچه های زرشک و تعيين پراكنش آن در خراسان جنوبي و شمالي. 1397

- دستورالعمل کنترل بیماری زنگ جاروئی زرشک در خراسان جنوبی. 1397

- سبب شناسی عارضه آریل سفیدی انار در خراسان جنوبی

- گزارش چندین بیماری گیاهی جدید یا میزبان جدید برای بیمارگرهای گیاهی

- گزارش جنس یا گونه های قارچی جدید برای ایران

- توصیف گونه های جدیدی از شبه قارچ های بیمارگر گیاهی

- توصیف گونه های جدیدی از حشرات، گزارش جنس یا گونه های جدید حشرات برای ایران 

توصیف آرایه های جدید

- Albugo arenosa- Mirzaee & Thines 2013

- Ooencyrtus ferdowsii -Ebrahimi & Noyez 2014

- Claraeola parnianae -Motamedinia & Kehlmaier 2017

- Claraeola khorshidae -Motamedinia & Kehlmaier 2017

- Dasydorylas derafshani -Motamedinia & Kehlmaier 2017

- Dasydorylas zardouei - Motamedinia & Kehlmaier 2017

- Pustula persica- Mirzaee & Thines 2021