بررسي‌هاي گياه‌پزشكي در کشور در سال 1302 هجری شمسی در مجموعه‌ای با عنوان «اداره تشخيص محلي آفات و مبارزه با آن» پایه‌گذاری شده است. در سال 1306، اين اداره به «بنگاه دفع آفات» تغيير نام داد و دو نقش تحقیقاتی و اجرايی را به طور توام به عهده گرفت. به طوری که در سال‌های 1313 و 1314 اولين و موفق‌ترين مبارزه بيولوژيک را با واردکردن کفشدوزک Rodalia cardinalisدر شمال کشور انجام داد. در سال 1322 «آزمايشگاه حشره‌شناسي و دفع آفات نباتي» تشکیل شد که زير نظر مستقيم وزير كشاروزي وقت انجام وظيفه مي‌كرد. در سال 1324 با پيوستن چند متخصص خارجی و تعدادي از فارغ‌التحصيلان دانشكده كشاورزي به اين آزمايشگاه، کار جمع آوری و مطالعه حشرات شتاب گرفت و سنگ بنای اوليه موزه حشرات که اينک بيش از 4 ميليون نمونه حشره را در برگرفته و تنها مرجع رسمی علمی کشور در زمينه شناسائی حشرات ايران است پی ريزی شد. در همين سال فعاليت در زمينه جمع آوری و مطالعه گياهان و قارچها آغاز گرديد و در سال 1327 بنيان اوليه هرباريوم ارزشمند بخش تحقيقات رستنيها که امروز با شناسه IRAN در مجامع بين الملل ثبت شده و شهرت جهانی دارد بنا نهاده شد. آزمايشگاه حشره شناسی و دفع نباتی در سال 1328 به اداره بررسی آفات و سپس به اداره کل بررسی آفات ارتقاء و براساس مصوبه 18 فروردين 1341 هيئت وزيران به نام «انستيتو بررسي آفات و بيماريهاي گياهي» تغيير پيدا كرد. مؤسسه تحقيقات گياه‌پزشكي كشور كه در سال 1385 اين نام را به خود اختصاص داد.
هم اكنون موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور به عنوان یکی از قدیمی‌ترین مؤسسات مادري كشور با 300 عضو هيئت علمي و محقق و دارا بودن 11 بخش ستادي و 28 بخش استاني در سرتاسر كشور ساليانه بيش از 300 پروژه و طرح تحقيقاتي را در سطح ملي- منطقه‌اي و بين‌المللي با هدف کمک در تامین غذای بیشتر و بهتر اجرا مي‌كند و در عرصه ملي به فعاليت مي پردازد.