بخش تحقیقات گیاهپزشکی ابتدا در سال 1369در محل مرکز تحقیقات کشاورزی استان مرکزی شروع به فعالیت نمود. مسئولیت بخش گیاهپزشکی بدون حکم رسمی بر عهده مهندس حاج آقا بزرگی بود. سپس مهندس رامین سعادت از سال 1371لغایت 1373 مدیریت بخش را بر عهده داشت و در تیر ماه سال 1373به مرکز تحقیقات کشاورزی استان چهار محال بختیاری منتقل شدند تا این زمان بخش تحقیقات گیاهپزشکی در مرکز تحقیقات کشاورزی فعالیت داشتند. بعد از ادغام وزارتخانههای جهاد سازندگی و کشاورزی، بخش تحقیقات گیاهپزشکی به عنوان یکی از بخشهای مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان مرکزی تغییر یافت و با ادغام مراکز تحقیقاتی با آموزشی، بخش تحقیقات گیاهپزشکی به عنوان یکی از بخشهای مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان مرکزی در همان ساختمان اولیه در حال فعالیت میباشد.